A missão do Tribunal da 5ª Região é julgar, no âmbito regional de sua abrangência, questões de interesse federal com eficiência, eficácia e rapidez, sendo a sua competência determinada pelo Artigo 108 da Constituição da República.
A responsabilidade administrativa do Tribunal fica com a Mesa Diretora, composta do presidente, vice-presidente e corregedor, eleita a cada dois anos em Sessão Plenária.
A Mesa Diretora atual tem a seguinte composição:
Des. Federal Francisco Roberto Machado (Presidente)
Desa. Federal Joana Carolina Lins Pereira (Vice-Presidente)
Des. Federal Leonardo Resende Martins (Corregedor-Regional)
Des. Federal Edilson Pereira Nobre Júnior (Diretor do Gabinete da Revista)
Des. Federal Cid Marconi Gurgel de Souza (Diretor da Escola de Magistratura Federal da 5ª Região)
Des. Federal Leonardo Henrique de Cavalcante Carvalho (Coordenador Regional dos Juizados Especiais da Justiça Federal na 5ª Região)